কমিশনের কার্যাবলী জাতীয় নদী রক্ষা কমিশন আইন, ২০১৩ এর ধারা ১৩ অনুসারে নদী কমিশনের  কার্যাবলী নিম্নরুপ :
 

(ক) নদীর সাথে সংশ্লিষ্ট সকল মন্ত্রণালয় বা বিভাগের কার্যাবলির মধ্যে সমন্বয় (intregration) সাধনের লক্ষ্যে সরকারকে সুপারিশ করা
(খ) নদী অবৈধ দখলমুক্ত এবং পুন:দখল রোধ করার বিষয়ে সরকারকে সুপারিশ প্রদান করা
(গ) নদী এবং নদীর তীরে স্থাপিত অবৈধ স্থাপনা উচ্ছেদ সংক্রান্ত সরকারকে সুপারিশ প্রদান করা
(ঘ) নদীর পানি দূষণমুক্ত রাখার বিষয়ে সরকারকে সুপারিশ প্রদান করা
(ঙ) বিলুপ্ত বা মৃত প্রায় নদী খননের বিষয়ে সরকারকে সুপারিশ প্রদান করা
(চ) নদী সংক্রান্ত তথ্য ভান্ডার উন্নয়নকরনে সরকারকে সুপারিশ প্রদান করা
(ছ) নদীর উন্নয়ন সংক্রান্ত বিষয়ে সরকারের নিকট যে কোন সুপারিশ করা
(চ) নদী সংক্রান্ত তথ্য ভান্ডার উন্নয়নকরনে সরকারকে সুপারিশ প্রদান করা
(ছ) নদীর উন্নয়ন সংক্রান্ত বিষয়ে সরকারের নিকট যে কোন সুপারিশ করা
(জ) নদীর পরিবেশগত ভারসাম্য ও টেকসই ব্যবস্থাপনা নিশ্চিতকরনের লক্ষে সরকারকে সুপারিশ প্রদান করা
(ঝ) নদী রক্ষাকল্পে স্বল্পকালীন ও দীর্ঘকালীন পারিকল্পনা গ্রহণের জন্য সরকারের কাছে সুপারিশ প্রদান করা
(ঞ) নদী রক্ষার্থে জনসচেতনতা বৃদ্ধিমূলক কার্যক্রম গ্রহণের লক্ষ্যে সরকারকে প্রয়োজনীয় পরামর্শ প্রদান করা
(ট) নিয়মিত পরিদর্শন এবং নদী রক্ষা সংক্রান্ত কার্যক্রম পরিক্ষণক্রমে সুপারিশ প্রদান করা
(ঠ) নদী রক্ষা সংশ্লিষ্ট বিদ্যমান বিভিন্ন আইন ও নীতিমালার ব্যবহারিক প্রয়োগ পর্যালোচনাক্রমে ও প্রয়োজনবোধে উক্ত আইন ও নীতিমালা সংশোধনের জন্য সরকারকে সুপারিশ করা
(ড) দেশের খাল, জলাশয়, সমুদ্র-উপকূল দখল ও দূষণমুক্ত রাখিবার বিষয়ে সরকারকে সুপারিশ করা